Diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en los Laboratorios LIORAD-AICA+: experiencia de un año de trabajo / Molecular diagnosis of SARS-CoV-2 at LIORAD-AICA+ laboratories, a one-year work experience

Introducción: El aumento de los casos de COVID-19 en Cuba requirió el desarrollo de nuevas capacidades para el diagnóstico molecular de la infección. En la Unidad Empresarial de Base Laboratorios LIORAD-AICA+, de La Habana, se estableció un Laboratorio de Biología Molecular para el diagnóstico molecular de la enfermedad. Objetivo: Analizar la experiencia de un año de trabajo, en el diagnóstico molecular de la COVID-19, del Laboratorio de Biología Molecular de la UEB LIORAD. Métodos: Para iniciar el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en la UEB Laboratorios LIORAD se llevó a cabo un conjunto de acciones que estuvieron dirigidas a la evaluación de los riesgos, establecimiento de las áreas y el flujo de trabajo, y formación de equipos de trabajo. El personal se capacitó, se modificaron y elaboraron procedimientos e instructivas. Resultados: La evaluación de los riesgos permitió detectar un conjunto de riesgos asociados a la actividad de diagnóstico y se establecieron las medidas para mitigarlos. El personal del laboratorio recibió un total de 23 capacitaciones, se elaboró un total de ocho procedimientos e instructivas y dos registros. El laboratorio procesó en un año un total de 125 154 muestras. Conclusiones: Durante el año de trabajo el Laboratorio de Biología Molecular de la UEB LIORAD se realizó el diagnóstico certero de la enfermedad. Esto evidencia la importancia de la capacitación del personal y el cumplimiento de las buenas prácticas y medidas de bioseguridad en el trabajo con muestras potencialmente infecciosas(AU)

Introduction: The increase in the number of cases of COVID-19 in Cuba demanded of new capacities for the molecular diagnosis of the infection. A Laboratory of Molecular Biology for the molecular diagnosis of this disease was installed at the Base Business Unit LIORAD-AICA+ Laboratories in Havana. Objective: To analyze a one-year work experience in the molecular diagnosis of COVID-19 at the Laboratory of Molecular Biology, LIORAD-AICA+. Methods: To begin with the molecular diagnosis of SARS-CoV-2 at LIORAD-AICA+, a group of actions were carried out aimed at evaluating the risks, establishing the working areas and flow, and training the work team. Personnel were trained, and procedures and guidelines were drawn up and modified. Results: Risk assessment allowed identifying several risks associated with the diagnostic activity, and measures were established to mitigate them. The laboratory personnel received 23 training sessions; and eight procedures and guidelines, and two registers were drawn up. The laboratory processed a total of 125 154 samples in a year. Conclusions: During the work year, the accurate diagnosis of the disease was conducted at the Laboratory of Molecular Biology, LIORAD-AICA+. This evidences the importance of personnel training and the compliance with good practices and biosafety measures when working with potentially infectious samples(AU)

Caracterización fenotípica de enterobacterias aisladas en pacientes con el virus de la inmunodeficiencia humana/sida / Phenotypic characterization of enterobacteria isolated from patients with human immunodeficiency virus infection/AIDS

Introducción: en pacientes con el virus de la inmunodeficiencia humana/sida se incrementa el riesgo de padecer infecciones por enterobacterias. Objetivo: caracterizar fenotípicamente las enterobacterias causantes de infecciones en estos pacientes. Métodos: se realizó un estudio descriptivo prospectivo, en el Instituto Pedro Kourí, de marzo de 2010 a marzo de 2011. Se procesaron muestras de esputo, lavado bronquial, secreciones faríngeas, óticas y vaginales, orina, fecales, lesiones de piel, sangre y catéteres, en 65 pacientes (ambulatorios y hospitalizados). La identificación bacteriológica y la susceptibilidad antimicrobiana de los 73 aislamientos, se determinaron mediante sistema VITEK 2 Compact (bioMérieux, Francia). Resultados: se identificaron Escherichia coli (30), Klebsiella spp. (19), Enterobacter spp. (15), Proteus spp. (7) y Serratia spp. (2). Prevalecieron las sepsis en pacientes hospitalizados (87,7 porciento). Menos de 50 porciento de las enterobacterias resultaron resistentes a las cefalosporinas, excepto Klebsiella spp. y Enterobacter spp. (68,4 porciento y 93,3 porciento de resistencia a cefepima y cefoxitina, respectivamente), y más del 80 porciento se mostró sensible a la amikacina. Se observó resistencia a piperazilina/tazobactam y ciprofloxacina en 27,3 porciento y 15 porciento, respectivamente. Se detectó 34,2 porciento de cepas productoras de betalactamasas de espectro extendido. Conclusiones: Escherichia coli y Klebsiella spp. causan frecuentemente infecciones en pacientes VIH/sida. El estudio de la sensibilidad antimicrobiana por VITEK 2 Compact, sugiere que las cefalosporinas, aminoglucósidos, quinolonas y piperacilina/tazobactam, pudieran constituir una alternativa terapéutica en estos casos

Introduction: the risk of infections caused by enterobacteria increases in HIV patients. Objective: to phenotypically characterize the enterobacteria responsible for infections in these patients. Methods: a prospective and descriptive study was conducted in Pedro Kourí Institute from March 2010 to March 2011. Samples of sputum, bronchial lavage, pharyngeal, ear and vaginal secretions, urine, stool, skin lesions, blood and catheters taken from 65 patients (ambulatory and hospital) were processed. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility of 73 isolates were determined by automated system VITEK 2 Compact (bioMérieux, France). Results: Escherichia coli (30), Klebsiella spp. (19), Enterobacter spp. (15), Proteus spp. (7) and Serratia spp. (2) were identified. Sepsis in hospitalized patients (87.7 percent) was prevalent. Less than 50 percent of Enterobacteriaceae were resistant to cephalosporins, except Klebsiella spp. and Enterobacter spp. (68.4 percent and 93.3 percent resistance to cefepime and cefoxitin, respectively) and over 80 percent were sensitive to amykacin. Resistance to piperacillin/tazobactam and ciprofloxacin was observed in 27.3 percent and 15 percent of cases, respectively. In the study, 34.2 percent of extended-spectrum beta-lactamases- producing strains was detected. Conclusions: Escherichia coli and Klebsiella spp. often cause infections in HIV patients. The study of antimicrobial susceptibility by using VITEK 2 Compact system, suggests that cephalosporins, aminoglycosides, quinolones and piperacillin/tazobactam, could be effective therapeutic alternatives in these cases